AP08857430 «МикроРНҚ негізінде диабеттік ретинопатияны диагностикалау және болжау үшін жаңа аз инвазивті биомаркерді анықтау». Ғылыми жетекшісi – б.ғ.д. профессор Шарипов Қ.О.

Жобаның сипаттамасы

Диабеттік ретинопатия (ДР) – қайтымсыз соқырлықтың негізгі себебі болып табылатын қант диабетінің (ҚД) микроваскулярлық асқынуы. ДР диагностикасының қиындықтарына байланысты (симптомсыз басталуы, ерте диагностиканың анық еместігі, дәрігерге қойылатын жоғары біліктілік талаптары және т.б.) ауруды диагностикалау мен болжау үшін жаңа сенімді әдістерді әзірлеу қажеттілігі туындады. МикроРНҚ көптеген себептер бойынша көптеген аурулардың перспективалы биомаркерлері болып табылады (биофлюидтерде бақылау мүмкіндігі, яғни аз инвазивті әдіспен, жоғары тұрақтылық және т.б.). Жоба ДР дамуын болжау, клиникалық көрінетін симптомдарсыз ерте диагностикалау, ықтимал асқынулар мен емдеуге сезімталдықты болжау үшін биомаркерлерді әзірлеу үшін қазақстандық популяциядағы айналымдағы микроРНҚ мен ДР концентрациясы арасындағы байланысты іздейді.

Жобаның мақсаты: диабеттік ретинопатия кезінде айналымдағы миРНҚ-ның диагностикалық және болжамдық мәнін анықтау.

Жобаның тапсырмалары:

Ретинопатиясы бар және онсыз қант диабеті бар науқастардан плазма үлгілерінің жинағын қалыптастыру. Зерттеу нысаны ретінде плазма үлгілері пайдаланылады. 200 плазма сынамасын жинау жоспарлануда: Диабеттік ретинопатиясы бар диабеттік науқастардан 100 үлгі, Диабеттік ретинопатиясы жоқ диабеттік науқастардан 100 үлгі (бақылау тобы).
Плазмадан микроРНҚ оқшаулау әдісін оңтайландыру, кері транскрипцияны және сандық ПТР оңтайландыру, сандық деректерді нормалау әдісін оңтайландыру, анықтамалық бақылауларды таңдау. Плазма – «қиын» объект, РНҚ экстракциясының тиімділігіне плазманың липидті-белоктық құрамы әсер етуі мүмкін, ол жеке ерекшеліктер мен ауруға байланысты. Оңтайлы қалыпқа келтіру әдісін таңдау сандық деректерді талдаудың негізгі қадамдарының бірі болып табылады. Жалпы тәжірибеге сәйкес, әдебиеттерден таңдалған эндогендік анықтамалық бақылаулардың экспрессиясының тұрақтылығы зерттеу үлгісінде расталуы керек. Мәселені шешу көрсеткіштері: Ct – 35 циклден кем емес; мәндердің үш қайталаудағы таралуы 0,5 циклден аз; ПТР тиімділігі – 90-нан 105% дейін, R2 0,98-1 диапазонында.
Сынақ тобында кандидат миРНҚ скринингі. МикроРНҚ маркерлерін анықтау екі кезеңде жүзеге асырылады. Бірінші скрининг сатысында 25-30 кандидаттық миРНҚ (әдебиет деректеріне сәйкес таңдалған) 45 плазма үлгісінен тұратын үлгіде сыналатын болады (ДР бар 30 пациент және ДР жоқ 15 пациент).
Кеңейтілген үлгідегі әлеуетті микроРНҚ маркерлерін тексеру. Екінші валидация сатысында ДР-мен байланысы бар микроРНҚ маркерлері 200 плазма үлгісінің үлгісінде сыналатын болады (ДР бар 100 пациент және ДР жоқ 100 пациент).
МикроРНҚ маркерлерінің диагностикалық мәнін анықтау. Маркерлердің ДР асқынулары бар емделушілерді ДР жоқ, оның ішінде клиникалық көрінетін белгілері жоқ пациенттерден, сондай-ақ клиникалық және патологиялық параметрлері бойынша ажырату қабілетін бағалау жүргізіледі.
МикроРНҚ маркерлерінің болжамдық мәнін анықтау. Маркерлердің ҚД-мен ауыратын науқастарда ДР дамуын болжау қабілеті, терапияның тиімділігі, аурудың асқынулары бағаланады.

Нәтижелер:

Диабеттік ретинопатиясы бар диабеттік науқастардан 100 плазмалық үлгілерден, диабеттік ретинопатиясы жоқ диабеттік науқастардан 100 плазмалық үлгілерден және іс жүзінде сау адамдардан (бақылау тобы) 31 плазмалық үлгілерден тұратын топтама құрылды. Тапсырма толығымен орындалды.
Плазмадан микроРНҚ оқшаулау техникасы оңтайландырылды, кері транскрипция және сандық ПТР реакциялары оңтайландырылды, сандық деректерді қалыпқа келтіру әдісі оңтайландырылды және анықтамалық басқару элементтері таңдалды. Тапсырма толығымен орындалды.
Сынақ тобында кандидат микроРНҚ маркерлерінің скринингі жүргізілді, нәтижесінде валидация кезеңіне 9 микроРНҚ таңдалды. Тапсырма толығымен орындалды.
Кеңейтілген үлгі бойынша скринингтік кезеңнің нәтижелерін валидациялау жұмыстары басталды. Тапсырма бойынша жұмыс жалғасуда.
Жоспарланған жұмыс көлемі Кестеге сәйкес толық көлемде орындалды.

Жоба орындаушылары:

Шарипов Камалидин Орынбайұлы, б.ғ.д., профессор, жоба жетекшісі. Хирш индексі – 3. https://orcid.org/0000-0001-5946-5521; Web of Science идентификаторы: AAP-5300-2020; Scopus ID: 57195075321.

Әшірбеков Эльдар Ерланұлы, зертхана меңгерушісінiң м.а., жауапты орындаушы. Хирш индексі – 2. https://orcid.org/0000-0002-2265-9717; Web of Science ID: E-2115-2015; Scopus ID: 39960967900.

Мағазова Айжан Русланқызы, ғылыми қызметкер, орындаушы, Ph.D. докторант.

Абайлдаев Арман Оразалыұлы, кіші ғылыми қызметкер, орындаушы. Хирш индексі – 2. https://orcid.org/0000-0002-1813-1338; Web of Science ID: AAP-1468-2020; Scopus ID: 57204938318.

Әлжанұлы Бақытжан, кіші ғылыми қызметкер, орындаушы, Ph.D. докторант. Web of Science идентификаторы: X-8740-2018.

Сәткен Қантемір Серікболұлы, лаборант, орындаушы. Бакалавриат студенті.